Program Studi Magister Kehutanan merupakan salah satu dari Program Magister yang berada dalam lingkup Program Pascasarjana Universitas Papua. Struktur organisasi Prodi Magister Kehutanan adalah bagian dari struktur Program Pascasarjana Universitas Papua.

Program Pascasarjana (PPs) Universitas Papua merupakan unit tersendiri yang sejajar dengan Fakultas, yang dipimpin oleh seorang Direktur. Dalam pelaksanaan tugas Direktur PPs UNIPA bertanggung jawab langsung kepada Rektor dan dibantu oleh dua wakil Direktur, yaitu Wakil Direktur Bidang Akademik dan Wakil Direktur Bidang Umum dan Keuangan serta dibantu oleh seorang Kepala Sub Bagian Tata Usaha. Selain itu dalam melaksanakan tugas Tri Dharma, terdapat Program Studi – Program Studi Magister Bidang Ilmu Tertentu yang dipimpin oleh seorang Ketua Program Studi dan seorang Sekretaris Program Studi. Adapun Struktur Organisasi Program Pascasarjana dalam Tata Kelola UNIPA disajikan dalam gambar berikut: